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O CD-ProWin7 é um pacote de programas para análise de espectros de CD (Circular Dichroism) de proteína para determinar as frações de estrutura secundária. Dentro deste pacote se encontram os seguintes programas: SELCONWin7, CDSSTRWin7 e CONTINLLWin7. Todos estes programas foram corrigidos e atualizados pela Profa. Dra. Patricia Campana Targon, Prof. Dr. Helton Hideraldo Bíscaro e a aluna Juliana Pastor.
Um pouco sobre o histórico de cada programa
SELCON
O Selcon (do inglês Self-Consistent Method), ou Método Auto-Consistente, foi
desenvolvido no laboratório de Robert W. Woody, e baseia-se no método do Valor
Singular da Decomposição (do inglês Singular Value Decomposition) do CD. Neste
método, o espectro experimental é transformado em uma matriz que é adicionada como
novas linhas à matriz que contém as estruturas secundárias de referência (base). O
método de Locally Linearized (localmente linearizado) van Stokkum et al, também é
utilizado no programa para implementar o método da seleção variável.
O Self-Consistent tem como base o algoritmo de Sreerama & Woody, o qual foi
modificado para comparar os espectros calculados e os experimentais. Os CD de
espectros utilizados são os de W.C. Johnson, Jr.
CONTIN//LL
O CONTIN/LL é uma variante do método desenvolvido por Provencher e Glöckner
(CONTIN). O programa CONTIN foi desenvolvido na década de 80. O método tem uma
proposta de geral para resolver equações integrais e sistemas lineares algébricos. O
software é chamado CONTIN, porque são aplicadas freqüentes soluções para integrais de
primeiro grau para efetivamente fazer a distribuição CONTINua de coeficientes (do inglês,
CONTINuous distributions of diffussion coefficients).
CDSSTR
Desenvolvido por W. C. Johnston, o CDSSTR é uma modificação do método
VARSLC (Variable Selection), que utilizava todas as possíveis combinações de um número
fixo de proteínas definido. Este método é geralmente um dos mais precisos, mas ele pode
demorar mais que os outros programas para executar, isto porque realiza muitos
cálculos.
Referências:
Pastor J., Bíscaro H.H. and Campana P.T. 2014. CDPro2: CDPro CD spectra deconvolution programs upgraded. Disponível em: (endereço do aprender ciência).
SREERAMA, N.; WOODY, R.W. A Self-Consistent Method for the analysis of Protein Secondary Structure from Circular Dichroism. Analytical Biochemistry 209: 32-44, 1993.
SREERAMA, N.; WOODY, R.W. Protein secondary structure from circular dichroism spectroscopy. Combining variable selection principle and cluster analysis with neural network, ridge regression and self-consistent methods. J. Mol. Biol. 242:497-507, 1994.
SREERAMA, N.; VENYAMINOV, S. Y.; WOODY, R.W. Estimation of the number of a-helical and b-strand segments in proteins using CD spectroscopy. Protein Science, 8: 370-380, 1999.
SREERAMA, N.; VENYAMINOV, S. Y.; WOODY, R.W. Estimation of protein secondary structure from CD spectra: Inclusion of denatured proteins with native protein in the analysis. Analytical Biochemistry 287: 243-251, 2000.
SREERAMA, N.; WOODY, R. W. Estimation of Protein Secondary Structure from Circular Dichroism Spectra: Comparison of CONTIN, SELCON, and CDSSTR Methods with an Expanded Reference Set. Analytical Biochemistry 287: 252–260, 2000.
PROVENCHER, W. S.; GLOCKNER, J. Estimation of protein secondary structure from circular dichroism. Biochemistry 20: 33-37, 1981.
PROVENCHER, W. S. Technical Report EMBL-DA07, 1984. Disponível em http://S-provencher.com
HENNESSEY, J. P.; JOHNSON, W. C.. Information Content in the Circular Dichroism of Proteins. Biochemistry, 20, 1085-1094, 1981.
JOHNSON, W. C.. Analyzing Protein CD for Accurate secondary Structures. Proteins: Structure, Function, and Genetics 35: 307-312, 1999.
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